Sont des structures centrales exercent leurs activités sous le contrôle direct du Secrétaire général. Elles comprennent :

-    la Direction générale de l’Education formelle (DGEF) ;
-    la Direction générale de l’Enseignement et la Formation techniques et professionnels (DGEFTP) ;
-    la Direction générale de la Recherche en Education et de l’Innovation pédagogique (DGREIP) ;
-    la Direction générale de l’Encadrement pédagogique et de la Formation initiale et continue (DGEPFIC) ;
-    la Direction générale des Examens et Concours  (DGEC) ;
-    la Direction de l’Alphabétisation et de l’Education non formelle (DAENF) ;
-    la Direction des Sports, de la Culture et des Loisirs de l’Education (DSCLE) ;
-    la Direction de l’Information, de l’Orientation scolaire, professionnelle et des Bourses (DIOSPB) ;
-    la Direction de l’Allocation des Moyens spécifiques aux Structures éducatives (DAMSSE) ;
-    la Direction de l’Enseignement général privé (DEGP) ;
-    la Direction des Affaires juridiques et du Contentieux (DAJC) ;
-    la Direction générale des Etudes et des Statistiques sectorielles (DGESS) ;
-    la Direction de l’Administration et des Finances (DAF) ;
-    la Direction des Marchés publics (DMP) ;
-    la Direction des Ressources humaines (DRH) ;
-    la Direction du Développement institutionnel et de l’Innovation  (DDII) ;
-    la Direction de la Communication et de la Presse ministérielle (DCPM) ;
-    la Direction des Archives et de la Documentation (DAD) ;
-    la Direction des Services informatiques (DSI).